Python Makromolekulaarseid Raamatukogu (mmLib)

Link: http://pymmlib.sourceforge.net/

Kokkuvõte

Pythoni Makromolekulaarseid Raamatukogu (mmLib) on tarkvara toolkit ja raamatukogu rutiin analüüsi ja manipuleerimine makromolekulaarsete struktuursete mudelite, rakendatakse Python programmeerimiskeelt. See on tutvuda kihiline, objektorienteeritud rakenduse programmeerimise liidest, ja pakub välja rea ​​kasulikke tarkvara komponente jäsennettäessä mmCIF ja esialgse faili, raamatukogu aatomi elemendid ja monomeerid, objektorienteeritud andmete struktuuri kirjeldamisel bioloogiliste makromolekulide ja OpenGL molekulaarne vaataja. MmLib andmemudel eesmärk on anda lihtne juurdepääs eri detail vaja rakendada kõrgetasemelisi rakendusprogramme makromolekulaarsete kristallograafiaks, NMR, modelleerimine ja visualiseerimine. See hõlmab spetsialiseeritud klasside valgud, DNA, aminohapped ja nukleiinhapped. Siia kuulub ka ulatuslik monomeer raamatukogu element raamatukogu ja spetsialiseeritud klasside täitmiseks ühikrakus arvutused koos täieliku ruumi grupi raamatukogu.

Variandid
Version 1.1.0 ilmus 2010. aasta septembris, kuid ei jagunenud tarball’ina. Version 1.2.0 ilmus (koos Paki) 2011. aasta juunis.

Rakendused

Kaks rakendused jagatakse koos mmLib. Üks on GUI mmCIF toimetaja mida kasutab GTK toolkit. Teine on OpenGL molekulaarne vaataja.

TLS Molecular Viewer (tlsviewer.py)
OpenGL molekulaarne vaataja abil mmLib.GLViewer muuta mooduli ja GTK-2,0 toolkit. Funktsioonide hulka (lingid pilte):

    TLSView Käsitsi
Mitu Kaartidega Vaatajad (nagu Mozilla)
    
Aatomnihke
TLS (jäiga keha ADP Model) maht Animatsioon ja visualiseerimine

mmCIF GUI Faili Editor
GUI editor mmCIF Failide GTK-2,0 toolkit. Screenshot.

Väljaanded

J. Painter ja E.A. Merritt (2004) “mmLib Python tööriistadena manipuleerides selgitustega struktuursete mudelite bioloogiliste makromolekulide”. J.Appl.Crystallogr. Cryst. 37, 174-178 (Copyright © International Union of kristallograafia). kordustrükk (PDF dokument)

J. Painter ja E.A. Merritt (2005) “mmLib molekulaarset vaataja analüüsi TLS jäik keha liikumist makromolekulid.” Acta Cryst. D61, 465-471 (Copyright © International Union of kristallograafia). kordustrükk (PDF dokument)

F. Zucker, P.C. Champ ja E.A. Merritt (2010) “kinnitamine kristallograafilise mudelid, mis sisaldavad TLS või muid kirjeldusi anisotroopiaga”. Acta Cryst. D66, 889-900. (Autoriõigus © International Union of kristallograafia). kordustrükk (PDF dokument)
Dokumentatsiooni

mmLIB API Reference
 
TLSView (tlsviewer.py) Kasutusjuhend

 

Autorid

Ethan Merritt: Merritt _at_ u.washington.edu
Jay Painter: jay.painter _at_ gmail.com

Comments are closed.